Fundada en 1646 por Don Juan de Palafox y Mendoza y construida en 1773 por Don Francisco de Fabián y Fuero conserva en su estantería elaborada en finas maderas como cedro, polocote y ayacahuite más de 42 500 volúmenes de obras de importancia universal como la Crónica de Nuremberg, De humanis corporis fabrica o la Misa Gótica. Entre su acervo cuenta con 5345 manuscritos e impresos sueltos entre los que destacan proclamas, bandos y grabados.

Entre sus actividades de difusión se encuentran la publicación de facsímiles como el Tercero et Quarto libro de Architectura de Sebastiano Serlio, obras dedicada al acervo como Botánica y catálogos de las 5 exposiciones que se exhiben en la sala Fabián y Fuero, entre las que destacan Libros Prohibidos, censura y expurgo y Los misterios del Cuerpo, las cuales desde 2003 presentan al público muestras representativas del fondo bibliográfico.

Por su importancia en 1981 fue nombrada Patrimonio Histórico de México y en 2005 fue inscrita en la lista Memoria del Mundo por la UNESCO.