Dicen las crónicas que el convento debe su fundación en 1606 a la idea de crear un hospicio para mujeres casadas de familia noble, donde éstas pudieran residir mientras sus esposos estaban ausentes. Así, en 1682 se abrió un colegio bajo la advocación de Santa Mónica y dos años más tarde quedó transformado en convento de monjas Agustinas. Las donaciones permitieron que a finales del siglo el conjunto conventual y la iglesia estuvieran concluidos.

Fue hasta 1943 cuando, a pesar de que ya había pasado mucho tiempo desde que las Leyes de Reforma ordenaran que las monjas abandonaran los conventos, se descubrió que el Convento de Santa Mónica seguía funcionando de modo clandestino. El gobierno intervino y con los numerosos objetos incautados y otros provenientes de otras colecciones, se organizó el Museo de Arte Religioso, que cuenta entre su acervo con piezas únicas producidas en el periodo virreinal.

El claustro, con su fuente decorada con azulejos de Talavera, tiene sus muros revestidos de ladrillo y azulejo que le dan un aire de serenidad.